Mikrobiota je ekologické spoločenstvo symbiotických, komenzálnych aj patogénnych mikroorganizmov, ktoré osídľujú určitý kompartment človeka. Sú tvorené rôznymi skupinami mikroorganizmov, počnúc vírusmi a končiac mnohobunkovými parazitickými organizmami. Medzi človekom a mikrobiotou sú veľmi rozmanité a vysoko štruktúrované väzby, ktoré na jednej strane zahŕňajú vzájomný prospech pre oboch partnerov, tj. Symbiózu. Na druhej strane sa môže jednať aj o škodlivé pôsobenie mikroorganizmov mikrobioty, tj. Patogenitu. Mikrobiota je sama o sebe v zložitých vzájomných vzťahoch opäť na škále začínajúcich symbiotickými interakciami a končiacich interakciami navzájom antagonistickými. Mikrobiálne osídlenie človeka je striktne individuálne a je určené ako genetickou determináciou konkrétneho jedinca, tak sumou všetkých premenných faktorov, ktorým bol jedinec exponovaný vo svojom vonkajšom prostredí. Časť týchto podnetov pôsobí epigeneticky a ovplyvňuje aj prepis génov človeka. Celý systém je vysoko dynamický a musí reflektovať ako potreby dané ontogenetickým vývojom, tak i aktuálne potreby človeka.